Является территориальным органом Федерального агентства по управлению особыми экономическими зонами, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг и правоприменительные функции в сфере управления особой экономической зоной технико-внедренческого типа на территории г. Томска, а также по контролю за выполнением соглашений о ведении технико-внедренческой деятельности.