ЦНИИС выполняет работы по инженерным изысканиям, проектированию, строительству и реконструкции транспортных объектов; разрабатывает нормативные документы, новые прогрессивные конструкции, материалы и технологии; проводит сертификацию продуктов в строительстве с выдачей сертификата соответствия. Научно-исследовательский центр (НИЦ) "Тоннели и метрополитены" осуществляет разработку новых тоннельных конструкций, методик их расчета, новых прогрессивных технологий строительства подземных сооружений; проводит обследование тоннельных сооружений с оценкой их надежности; проводит научное сопровождение строительства метро и тоннелей и участвует во внедрении новой зарубежной и отечественной техники тоннелестроения.