Институт занимается научной и производственно-хозяйственной деятельностью, проводит фундаментальные и прикладные исследования в области гидрогеологии и гидрофизики, геоэкологии, геоинформатики и моделирования природных гидрогеологических процессов, комплексного использования и охраны водных ресурсов недр Казахстана, техногенной гидрогеологии, мониторинга подземных вод.
Видами деятельности Института являются: научные исследования в области разработки фундаментальных и прикладных проблем гидрогеологии и гидрофизики, геоэкологии, охраны и рационального использования водных ресурсов недр; математическое моделирование сложных гидрогеологических процессов и создание автоматизированных геоинформационных систем; изучение и прогнозирование техногенных гидрогеологических и инженерно-геологических процессов; выявление ресурсов пресных, минеральных, термальных, промышленных и других - типов подземных вод; оценка запасов и экологического состояния водных ресурсов недр; комплексное использования водных ресурсов недр в интересах народного хозяйства страны, для водоснабжения населения, аграрного комплекса, промышленности, в бальнеологии, для получения дешевой и экологически чистой энергии подземных термальных вод; активное содействие практическому использованию результатов теоретических разработок.