Межгосударственная координационная водохозяйственная комиссия Центральной Азии (МКВК) по проблемам регулирования, распределения, рационального использования и охраны трансграничных водных ресурсов создана во исполнение подписанного 18 февраля 1992 г. в г. Алматы "Соглашения между Республикой Казахстан, Кыргызской Республикой, Республикой Таджикистан, Туркменистаном и Республикой Узбекистан о сотрудничестве в сфере совместного управления, использования и охраны водных ресурсов межгосударственных источников".
Комиссия, паритетно представляемая пятью министрами водного хозяйства или их первыми заместителями, является коллективным органом государств Центральной Азии, осуществляющим свою деятельность на основе равенства, справедливости и консенсуса мнений в деле управления и развития водных ресурсов, поддержания устойчивости природных и гидроэкологических процессов на трансграничных водах.
Решениями Глав государств Центральной Азии от 23 марта 1993 г. и 9 апреля 1999 г. МКВК и ее подразделения - Бассейновые водохозяйственные объединения (БВО) "Амударья" и "Сырдарья", Научно-информационный центр (НИЦ), Координационно-метрологический центр (КМЦ) и Секретариат - входят в состав Международного Фонда спасения Арала (МФСА) и имеют статус международных организаций.