Проявляя заботу о здоровье народа, Президент Республики Казахстан Н. А. Назарбаев стал инициатором строительства в новой столице-городе Астане - Республиканской клинической больницы на 240 коек. В конце 2001 года, британская строительная компания "Фитцпатрик Контракорс" завершила строительство клиники, ее площадь составила 25 808 кв. м. Благодаря мощному научному потенциалу и бурному развитию различных научных направлений и исследований, 29 сентября 2003 года согласно постановлению В научный центр были приглашены специалисты со всех регионов Казахстана, а также из-за рубежа.
В октябре 2007 года в Санкт-Петербурге, Фонд "Ассамблея здоровья" при поддержке Всемирной организации здравоохранения, Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации присвоил РГП "Национальный научный медицинский центр" звание Лауреата Премии в номинации "за вклад в развитие национального здравоохранения".
На сегодняшний день основная деятельность РГП "ННМЦ" заключается в оказании высокоспециализированной медицинской помощи гражданам республики. В Центре применяются современные сложные методы диагностики и лечения, используются уникальные медицинские технологии. ННМЦ многопрофильное лечебное учреждение, укомплектованное высококвалифицированными научными кадрами, оснащенное современным оборудованием и медицинской техникой.