ФГБУ ЦНМВЛ находится в ведении Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору. Учреждение выступает в качестве референтного центра Россельхознадзора по лабораторным исследованиям, а также испытательного центра в системе ГОСТ Р по сертификации пищевых продуктов, продовольственного сырья и кормов.
На сегодняшний день ФГБУ ЦНМВЛ, являясь одной из ведущих ветеринарных лабораторий Российской Федерации и ЕЭС, осуществляет свою деятельность на территории Российской Федерации и взаимодействует с органами федерального и местного управления, общественными объединениями, организациями и гражданами, международными организациями, Комиссией Европейского Сообщества.