Институт проводит фундаментальные и прикладные научно-исследовательские работы в области биотехнологических, мембранных, экструзионных и других современных процессов пищевой и перерабатывающей промышленности; осуществляет научное, нормативное и информационное обеспечение предприятий спиртовой, ликероводочной, ферментной, дрожжевой и уксусной отраслей промышленности; выполняет международные и федеральные проекты по научным проблемам биоконверсии растительного сырья, биотехнологии пищевых добавок, ферментных и микробных препаратов биокоррегирующего действия, участвует в международных программах.
На базе ВНИИПБТ созданы и действуют Международный технический комитет по стандартизации, орган сертификации, Испытательная лаборатория технохимического контроля и арбитражных методов анализа.