Институт является единственным в стране институтом сельскохозяйственной микробиологии и координирует работы по почвенной микробиологии в более 30 институтах, относящихся к Российской академии с.-х, наук, Российской Академии наук, Миннауки и других министерств и ведомств. Проводимые здесь работы являются фундаментальными с точки зрения задач, которые решаются с использованием моделей и объектов, представляющих значительный интерес для сельскохозяйственного производства и получения знаний о законах сосуществования в почве про и эукариот. Новые формы полезных микроорганизмов для различных целей были внедрены в практику: симбиотические для бобовых, азотфиксируюшие для небобовых, фосфатразлагаюшие, антагонисты фитопатогенов, ростактивируюшие, роденииды, микроорганизмы, оптимизирующие питание животных, утилизирующие отходы сточных вод животноводческих ферм, контролирующие поступление ксенобиотиков в растения (включая тяжёлые металлы и радионуклиды) и защищающие растения от стресса.
Свыше 30 экологически безопасных биопрепаратов для различных отраслей сельского хозяйства было создано на основе фундаментальных исследований. Они обладают широким спектром действия и выполняют множество полезных функций для роста и развития растений. Разработки конкурентоспособны на мировом уровне и зарегистрированы за границей.