Институт является головным учреждением по организации, проведению, методическому руководству и координации исследований в области аграрной экономики.
Проводит научные исследования по широкому кругу проблем развития АПК в условиях многоукладной рыночной экономики, основными из которых являются: экономический механизм ведения сельскохозяйственного производства; инновации в АПК; логистика ресурсообеспечения; механизация и химизация сельскохозяйственного производства.