Организован 19.03.1991 года. Является структурным подразделением Санкт-Петербургского Научного Центра Российской Академии наук. Институт выполняет междисциплинарные фундаментальные и прикладные научные исследования в области экологической безопасности. Основные научные направления. Обобщенный анализ проблем глобального изменения климата в контексте устойчивого развития; разработка методологии экологически безопасного устойчивого развития регионов и мегаполисов; идентификация территорий экологического риска методами дистанционного зондирования; разработка эколого-экономических основ комплексного сбалансированного природопользования; подготовка предложений по созданию природоохранной нормативно-правовой базы.
Во всех лабораториях ведется подготовка специалистов высшей квалификации. В 1996 году в институте открыта аспирантура, в 1999 - докторантура. С 1996 г. издается бюллетень "Экологическая безопасность". В 1997 г. в Государственном университете на факультете географии и геоэкологии открыта базовая кафедра института "Экологическая безопасность и устойчивое развитие регионов".