Институт коневодства организован в Москве в мае 1930 года постановлением Коллегии Наркомзема СССР. ВНИИ коневодства - крупный научно-исследовательский центр. Работы его ученых известны во всем мире. Он является головным селекционным центром по работе с основными заводскими породами лошадей в России, членом многих международных коневодческих и исследовательских обществ. За 70 лет существования институт сформировал информационные базы данных по 15 породам лошадей. Современные технологии хранения и обработки больших объемов информации, основанные на компьютерной технике, позволяют проводить разнообразные анализы для селекционно-генетических исследований на принципиально новом методическом уровне.
Институт коневодства является официальным держателем и издателем племенных книг по следующим породам лошадей: ахалтекинская, арабская, терская, чистокровная верховая, буденновская, донская, тракененская, ганноверская. орловская рысистая, русская рысистая, американская стандарт-бредная рысистая, русская тяжеловозная, советская тяжеловозная, владимирская, першеронская, шетленский пони. Всего институтом выпущено 144 тома Государственных племенных книг.
ВНИИ коневодства - единственная организация в России, которая выдает племенные документы на лошадей вышеперечисленных пород.
Институтом разработан и внедрен в производство метод контроля достоверности происхождения лошадей по полиморфным системам белков и группам крови, повышающий эффективность селекции, и метод, позволяющий хранить семя жеребца в глубокозамороженном состоянии в течение многих (до 30) лет.
Институт проводит подготовку и переподготовку кадров через аспирантуру, диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций. При институте действует школа повышения квалификации специалистов коневодства.