Основные направления деятельности ВЦМК "Защита":
- предупреждение и ликвидация медико-санитарных последствий чрезвычайных ситуаций;
- обеспечение готовности Всероссийской службы медицины катастроф по оказанию лечебно-профилактической и санитарно-эпидемиологической помощи населению при стихийных бедствиях, авариях, катастрофах и эпидемиях, в том числе на базе телемедицинских технологий;
- создание и организационно-методическое руководство федеральной медицинской службой гражданской обороны;
- участие в ликвидации медико-санитарных последствий за рубежом.
ВЦМК "Защита" является сотрудничающим центром ВОЗ по проблемам медицины катастроф.